增值税专用发票，是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用。增值税专用发票，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证，又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明。增值税专用发票与普通发票不同，不仅具有商事凭证作用，而且是一种完税凭证，实行凭发票注明税款扣税，购货方要向销货方支付增值税。
从增值税专用发票本身的作用看，其是纳税的法定证据，即只要合法持有增值税发票，就证明国家已收到相应的税款。然在商事贸易往来过程中，先开具增值税发票再付款的现象较为常见，这也导致其引发的经济纠纷也越来越多，增值税发票往往被当事人用作证明不同事实的证据：
出售方:以购买方已经收到其开具的增值税发票，主张其已经交付了合同约定的标的物，理由是如果没有收到货物，购买方怎么可能进行进项税的抵扣呢？
购买方:以其已经收到出售方的增值税发票，主张其已经支付了相应的货款，其理由是如果没有付款，出售方怎么可以开具增值税发票呢？
一个实际的案例是，原告A与被告B签订购销合同一份，约定：原告A向被告B供应大理石锯泥的数量及价格，但并未在合同中对付款方式、发票开具情况作出明确约定。被告B于2011年5月份向原告A出具证明一份，用于开具增征税专用发票；后原告A至国家税务局开增值税专用发票，价税合计141,089.4元，并将在有双方签名的发票第三联交由被告B，第四联由原告A自己留存。后原告A起诉被告B，称被告B于2011年5月份从己方购进的大理石锯泥总价值141,089.4元，被告B仅支付货款58,600元，剩余货款多次催要拒不支付；被告B则以原告A向其出具的载有原告A签名的增值税发票等作为证据证明自己已经付清全款。
最高人民法院《关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第八条规定：“出卖人仅以增值税专用发票及税款抵扣资料证明其已履行交付标的物义务，买受人不认可的，出卖人应当提供其他证据证明交付标的物的事实。”
增值税发票从其法定功能看，只是买卖双方之间的结算凭证，只能证明相关方已经缴纳了相应的税款，在没有其他证据予以印证的情况下，并不能延伸到合同履行过程中起到证明相应合同义务已经履行的作用，这主要是考虑到当事人之间存在“虚开”的可能性。因此，开具增值税专用发票，并不能单独证明货物已经交付或者款项已经支付，需要和相应的送货凭证及付款凭证相结合才能达到诉讼中相关方的证明目的。
当然，在以下几种情况下，增值税发票可以单独证明款项支付的事实：
1、明确约定开票事宜
如果双方在合同中明确约定购买方付款后，出售方再开具增值税发票。在这种情况下，如果购买方持有了增值税发票，则应当认定购买方已经支付了款项。但即使合同中明确约定出售方在供货后的一段时间内开具发票，也能证明购买方的确收到发票，但此类情况下，出售方仍不能以购买方收到发票为由主张其已经发货，因为此两行为发生的先后，出售方完全占据着主动权，不能排除出售方利用该条款达到其非法目的。
2、长期交易开票习惯
如果双方在合同中没有明确约定增值税发票的开具时间，但双发有长期的交易，可以证明双方存在着购买方先付款，出售方再开具发票或者出售方均是先交货，再在一定期间内向购买方开具发票的交易习惯。那么，在这种情况下，出售方可以凭购买方已经将增值税发票进行抵扣证明其已经交付了货物，而购买方可以持有增值税发票证明其已支付款项。
总之，在买卖合同履行的过程中，各方均应当保存好合同履行的证据，仅凭增值税发票来证明已经履行合同义务具有很高的法律风险。
